SWELLのバージョンは2.5.3.5です。

また、SWELLというよりWordPressコアの問題かもしれません。

カスタマイズ>トップページ>メインビジュアルの件です。

最初、このような状態だとします。
（動画PCと動画SPが設定されている）

ここで、動画PCを再設定したとします。
すると、動画SPのサムネイルが表示されなくなります。

「おやっ？消えたかな？」と思って動画SPを再設定したとします。
すると、動画PCのサムネイルが表示されなくなります。

実際にはこのまま『公開』を押せば、どちらも設定状態は保存されているのですが、それが分かっていないと不安になるかと思います。

それと、これは要望になるのですが、設定した動画／画像のファイル名が表示されるようになると助かります。