実際にテスト環境用意して自分で試してみるのが一番早いと思います〜！

何のためにテーマを隠す必要があるのかよく分かりませんが

- テーマフォルダの名前を変えて、style.cssを書き変える

これだと別のテーマになってしまうので、エラーは出なくても管理画面からアップデートできなくなりますね。

基本的に有料無料テーマ問わずプラグイン等でテーマ名を変更してその後正常に動作するか？はサポートの対象外なのでやっても良いですが、それなりの諸問題が発生した時の対応に必要な時間と予算を予め確保しておく必要があります。

SWELLの正常動作範疇を超えたカスタマイズになるので全て自己責任で・・・という感じでしょうか。