特に仕様変更などは行っていないですが...

アイキャッチ画像を反映する操作が出来なくなっています

というのは、具体的にどのような状態でしょうか？

@ryo 新しく、投稿を作成した際に、右側の欄に（画像）ここまでしか操作できる項目がなくなっていて、以前のような（画像）「表示の上書き設定」が表示されていないのです。

投稿ページのヘッダーにも画像がある方がかっこいいのでそうしたいのです。

投稿本文の下側に回り込んでしまってはいませんか？？

横から失礼します。SWELLが更新されたから消えるとかはありえなくて、

このあたりが関連トピックになるのではないかと思います…！
了さんが指摘された通り、SWELL設定のメタボックスが下に回り込んでしまっている場合と、その対処は
https://u.swell-theme.com/community/postid/2029/

を参照していただいて、

もしくは、SWELL設定のメタボックス自体がどこにも表示されないのときは、以下の画像の設定部分を見直してみてください。

@ryo　見つけられました！！ryoさん、しらこさんありがとうございます！！助かりました。

@96ssbike　見つけられました！！ryoさん、しらこさんありがとうございます！！助かりました。